病理組織検査のプロセス
病理組織標本は、まず10%ホルマリン液に入れて固定後にパラフィン包埋し、ミクロトームで薄切して作製します。通常はHE（ヘマトキシリン・エオジン）染色によって病理診断がなされますが、免疫組織化学的に特殊染色を追加して診断の補助とすることも多いです。
他に皮膚科では欠かせない手法として、免疫蛍光法（凍結標本を用いて行います）があり、また診断確定に電顕所見が必要になることもあります。
免疫組織学的な検討が必要な組織は、生検検体を半切し、片方をHE染色標本用にホルマリン液に入れ、もう片方をOCTコンパウンドに包埋して液体窒素中で迅速に凍結固定します。凍結標本は-80度のディープフリーザーに保存し、必要に応じて切片を作成、染色を行います。
凍結標本を用いることによって、表皮細胞間や基底膜、血管壁などに沈着した抗体や補体を検出したり（免疫蛍光法）、パラフィン切片では検出不能な抗体を用いた免疫染色、リンパ球表面マーカーの検索、T細胞（Tリンパ球）受容体最構成の有無の解析、ウイルスDNAの検出などが可能となります。
免疫蛍光法
免疫蛍光法は、組織切片や塗沫細胞上にある抗原や抗体を蛍光色素で標識して蛍光顕微鏡下で観察する方法で、直接法と間接法があります。
免疫蛍光直接法：生検組織を用いるのは直接法で、蛍光色素で標識した特異抗体を用いて目的物質を組織中に直接証明します。特に自己免疫性水疱症では、免疫複合体がどの部位に沈着しているかを知ることが診断の鍵となります。また、エリテマトーデスでも、表皮真皮境界部にグロブリンや補体の沈着を証明することが診断上重要です（LBT：ループスバンドテスト）。
免疫蛍光間接法：抗原に対する特異抗体を患者の血清中に証明する方法のことで、抗核抗体や抗表皮細胞間抗体などの検出に利用されます。
電顕標本
生検標本の透過型電子顕微鏡的観察を行う必要性は以前に比べて減少したとはいえ、皮膚疾患が形態学を主とするものである以上、電顕標本は疾患（先天性表皮水疱症や沈着症、ある種の腫瘍など）によっては現在でも欠くことのできない検査方法です。
電顕標本は、超微形態を観察するために速やかでかつ強い固定を行います。すなわち、生検標本の一部を1〜2mm角に細切し、冷蔵保存してある2〜5%グルタルアルデヒドに入れて固定後、包埋、切片作製を行います。